Detectarea relatiilor de causalitate in retele biologice pe baza schimbarilor expresiei genice in timp

Splaiul Independenţei 296, București, Romania

Responsabilități

Detectarea cauzalitatii intre diferite componente ale unui sistem este un subiect de interes major in domeniul biologiei (precum si in alte domenii). Proiectul propune construirea unui model de graf directionat care sa estimeze cauzalitatea intre componente prin analiza schimbarilor expresiei genice in timp (pe baza datelor microarray obtinute la varste diferite). Algoritmul propus se va baza pe metode de dinamica non-lineara – “embedding theory of an attractor” si va quantifica “smoothness”-ul unui “cross map” corespunzator oricaror doua variabile ale sistemului (functia este nesimetrica permitand astfel diferentierea dintre cauzalitate si co-expresie). Intr-un final, eficienta si acuratetea algoritmului vor fi evaluate prin comparatie cu alte metode din literatura, folosind date biologice din cai de semnalizare moleculara.

Further reading: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25501646

Proiectul va fi realizat in colaborare cu Computational Biology of Aging Group,
Institute of Biochemistry, Romanian Academy.